1999年以前

►1994年
    05月   第二次通過衛生署區域教學醫院評鑑，成立雲嘉第一個「生殖科技研究室」。

►1995年
    09月   成立雲嘉地區第一座「心臟血管中心」。

►1996年
    01月   成立宣教部，專責推廣國內外醫療宣教事工。

►1997年
    05月   第三次通過衛生署區域教學醫院評鑑，規模雲嘉最大。

►1998年
    著手逐步建構「癌症治療中心」各相關專科，成立「醫學影像中心」，雲嘉第一台直線加速器開始啟用 。

►1999年
    07月   「第一門診中心」正式啟用。
    08月   雲嘉首例腎臟移植成功。
    10月   雲嘉地區首例骨髓移植成功，並於 12 月完成第二例。
 

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2000年代

►2000年
    成立「皮膚醫學美容中心」、「燒傷中心」、「高壓氧治療中心」、「整形醫學美容中心」、「核子醫學科」。

►2001年
    獲行政院衛生署國民健康局補助成立「南區癌症防治中心」、「南區青少年保健中心」、「南區視力保健中心」。

►2002年
    03月   成立星愛兒童發展中心，開辦嘉雲地區第一個也是唯一的「自閉症兒童日間病房」 。
    04月   成立全台第一個「照顧住宅」。
    12月   完成雲嘉首例活體腎臟移植。

►2004年
    02月   建構 PACS 系統，全院無片化時代來臨。

►2005年
    01月   完成第七例腎臟移植手術。
    10月   阿里山安全社區榮獲世界衛生組織（ WHO ）認證。

►2006年
    購置數位式乳房攝影及穿刺定位系統X光機、全身扇形光束骨質密度測定儀，購置正子電腦斷層掃描儀（PET/CT），全面提升醫療設備。
    12月   購置64切電腦斷層掃描儀（64切CT），造福雲嘉南地區心血管疾病高危險群民眾。

►2007年
    01月   皮膚科購置「飛梭雷射時光機」，提昇醫療服務內容。
    05月   本院心臟外科完成雲嘉地區首例微創「胸部主動脈瘤支架血管置放手術」。
    10月   本院為提昇對創傷患者的醫療救護品質，成立創傷小組。
    11月   啟用第二台新型直線加速器，再創癌症治療新紀元。

►2008年
    開刀房購置第4台心臟血管檢查機器(C-Arm)， 具有Subtration(減影功能) 與硬碟，能提供即時的影像把握搶救時機。
 

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2010年代

►2010年
    04月23日   阿里山鄉南三村生活重建中心啟用，由財團法人雙福社會福利慈善事業基金會承接內政部推動災後重建工作，協助原住民重返災前榮景。
    04月   門診大樓影像醫學科第二部乳房攝影全新啟用，乳房攝影室規劃有專用更衣室及等待區，保護女性朋友的隱私權。
    06月9日   台灣醫院協會於本院舉辦「醫院推展電子病歷全方位規劃及實作分享研討會」百餘位醫療人員親臨標竿學習與分享。
    07月   與美國傳仁基金會合辦　Community Health Evangelism 訓練課程。
    10月   本院榮獲臺灣健康醫院學會「第三屆健康促進醫院典範選拔」之『健康促進醫院優良獎』、 『健康促進醫院組織再造獎』、『創意獎減重項目特優』，共三份榮譽 。
    12月   血液透析室、社區健康部、神經內科、資訊室、整形外科、糖尿病中心 等科室榮獲2010年SNQ國家品質標章認證。

►2011年
    06月   核醫科放射免疫分析室通過醫學實驗室 ISO 15189 認證。
    06月   骨科部及眼科通過行政院衛生署食品藥物管理局 『人體器官保存庫』許可。
    10月   本院護理部早期療育中心、復健科輔具中心等單位，榮獲 2011 年 SNQ 國家品質標章認證。
    11月   榮獲行政院衛生署『電子病歷及互通績優醫院』區域醫院組特優。
    11月   護理部榮獲護理師護士公會全國聯合會100年度「優質護理職場標竿學習暨表揚計畫」銅磁獎。
    12月   本院參加生策會推動『2011SNQ國家品質標章』榮獲佳績。
    12月   嘉義市政府以再耕園委託案申請公共工程委員會金擘獎評審，再度獲得優等獎。

►2013年
    06月   本院通過ISO 50001 能源管理系統認證。
    06月   本院社區護理室榮獲國民健康局101 年「戒菸治療服務品質改善措施」績優單位。
    07月   衛生署福利部委託嘉基成立「反毒教育資源中心」，為雲嘉南唯一遴選通過醫院。
    07月   本院榮獲一○一年度國民健康局「整體四癌篩檢」等八項大獎，以及「癌症診療品質認證通過機構」。
    07月   本院通過一○二年度腎臟病健康促進機構，成為種子機構(最高等級)。

►2014年
    10月   本院通過ISO 9001、IWA1、綠色醫院與照護機構管理系統認證。
    12月   本院「社區服務部 / 長青園」、「護理部 / 婦產照護」、「醫事部 / 影像影學科」、「外科部 / 大腸直腸外科」、「內科部 / 腸胃肝膽科」、「內科部 / 腎臟內科」、「內科部 / 血液腫瘤科」、「內科部 / 胸腔內科」、「兒童醫學部」、「行政部 / 總務處」參加生策會 ─ 2014SNQ國家品質標章榮獲佳績。
    12月   本院附設產後護理之家榮獲一○三年度衛生局督考優等成績。
    12月   本院附設居家護理所榮獲一○三年度衛生局督考優等成績。

►2015年
    01月   本院為嘉義市第一家通過「重度級急救責任醫院」評鑑之醫院。
    01月   本院評鑑通過為「安寧緩和醫學專科醫師訓練醫院」。     07月   本院榮獲一○三年度戒菸服務品質改善措施績優醫事機構。
    08月   本院榮獲一○三年度癌症防治績優醫院「金牌獎」。
    09月   本院慢性腎臟病照護小組獲學會評選為全國四家標竿觀摩單位之一，應邀全國展示。
    10月   本院病歷檔案組參加「第198 屆全國品管圈大會」，榮獲「優秀獎」及圈歌競賽「優良獎」。
    10月   本院榮獲「第198 屆全國品管圈大會 ─ 石川獎」殊榮。
    11月   本院參加「一○四年度南區醫療區域輔導與醫療資源整合計畫」榮獲標竿醫院。
    11月   本院社區健康部與職業安全衛生室，榮獲國健署健康促進醫院創意計畫競賽優良獎。
    11月   本院榮獲「一○四年度全國原住民部落社區健康營造」績優營造中心。
    11月   本院關懷小組參加「一○四年度南區醫療區域輔導與醫療資源整合計畫」，榮獲標竿醫院。
    12月   本院恢復室參加台灣環台醫療策略聯盟舉辦之「環台醫療策略聯盟第十一屆品管圈發表暨競賽」，榮獲「銅獎」。
    12月   本院營養科獲得醫策會第十六屆醫療品質獎 ( HQIC )  主題改善類 ─ 潛力獎、資訊室獲得醫策會第十六屆醫療品質獎(HQIC)智慧醫療類 ─ 智慧醫院組標章。
    12月   本院榮獲衛生福利部「預立安寧緩和醫療暨維生醫療抉擇意願」健保 IC 註記宣導優良團體獎。
    12月   本院「感染科」、「一般外科」、「胸腔外科」、「神經內科」、「職業安全衛生室」、「病歷檔案組」、「保康老人長期照顧中心」榮獲生策會 2015SNQ 國家品質標章。
    12月   本院榮獲衛福部頒發一○四年度實施電子病歷及互通應用績優醫院獎勵 ─ 無紙化推展優等獎、電子病歷上傳率優等獎。

►2016年
    03月   本院兒童胃腸科通過「兒科消化學次專科醫師訓練醫院」。
    03月   本院腎臟內科通過「一○五年度腎臟專科醫師訓練醫院」。
    06月   兒童腦神經科通過「小兒神經專科醫師訓練醫院」。
    12月   本院「市居家服務中心 (市居服)」、「風濕免疫科」、「兒童醫學部」、「檢驗醫學科」、「藥劑科」榮獲 2016SNQ 國家品質標章。

►2017年
    05月   本院於2016 無菸醫院再認證，獲國民健康署頒無菸醫院金獎，並推薦參與 2017 ­e Global Network for Tobacco Free Healthcare Services競賽，第 25 屆 HPH ─維也納，獲頒無菸醫院國際金獎殊榮。
    12月   本院「社區護理室」、「眼科」、「神經外科」、「骨科」、「病理科」榮獲2017SNQ 國家品質標章。

►2018年
    02月   本院病歷檔案組參加台灣環台醫療策略聯盟舉辦之「第十三屆環台醫療策略聯盟醫療品質成果發表競賽活動」，榮獲「銀獎」。